Seit dem 6. September führen die portugiesischen Flughäfen die obligatorische Erfassung biometrischer Daten von 100% der Passagiere aus Ländern außerhalb des Schengen-Raums oder der Europäischen Union durch. Diese Erfassung ist Teil des Einreise-/Ausreisesystems (EES) der Europäischen Union, das seit Oktober 2025 schrittweise in Betrieb genommen wurde. Zuvor war es möglich, die Biometrie bei Warteschlangen auszusetzen, aber diese Möglichkeit besteht nicht mehr.
Die Erfassung läuft an den meisten portugiesischen Flughäfen ohne Probleme, mit Ausnahme des Flughafens Faro, wo "höchster Druck" herrscht. Laut Superintendent João Ribeiro, stellvertretender Direktor der PSP und verantwortlich für die Nationale Einheit für Ausländer und Grenzen (UNEF), gehören zu den Faktoren, die Faro betreffen, Wetterbedingungen, Verzögerungen im Luftverkehr und Spitzen bei der Konzentration von Flügen, wie am vergangenen Donnerstag geschah, als mehr als 10 Flüge in 25 Minuten landeten, hauptsächlich mit britischen Passagieren.
Die Bearbeitungszeit hat sich erheblich verlängert: Wo früher fünf bis 15 Minuten benötigt wurden, sind jetzt 15 bis 30 Minuten erforderlich. João Ribeiro betrachtete diese Zeit als "ziemlich akzeptabel". Die schwerwiegenden Probleme, die monatelang Anfang des Jahres auftraten, als Passagiere mehrere Stunden warteten, wurden seit Mai durch Investitionen in Technologie, Neuorganisation der Flughafenbereiche und Verstärkung um 360 Beamte an den Luftgrenzen behoben.
Die UNEF verfügt derzeit über 1.504 Polizeibeamte, die in der Flughafensicherheit und Grenzkontrolle eingesetzt sind, verteilt auf die
