A Quercus criticou a opacidade do processo de reforma da Agência Portuguesa do Ambiente (APA) e do Instituto da Conservação da Natureza e das Florestas (ICNF), considerando que as associações ambientalistas deveriam ter sido chamadas a participar. A organização ambientalista manifestou preocupação com a falta de transparência na reestruturação em curso.
A reestruturação está descrita como "praticamente concluída", tendo decorrido sem a consulta pública que muitas organizações consideram necessária em matérias de reorganização das entidades que tutelam o ambiente e a natureza em Portugal.
Uma das principais alterações previstas é que o ICNF deverá perder as suas delegações regionais, com as decisões sobre Estudos de Impacto Ambiental (EIA) a passarem a ser tomadas a nível central. Esta centralização de competências levanta questões sobre a proximidade da gestão ambiental aos territórios.
A Quercus defende que a reforma deveria ter envolvido os principais atores do setor, incluindo as associações ambientalistas, de forma a garantir maior transparência e participação no processo de reorganização das entidades responsáveis pela política ambiental.



