A decisão do ministro Alexandre de Moraes, do Supremo Tribunal Federal (STF), que apontou "fortes indícios" de improbidade administrativa, abuso de autoridade e crime de responsabilidade na atuação do colega André Mendonça gerou forte reação da oposição. O voto de Moraes pediu a abertura de uma ação disciplinar contra Mendonça por sua atuação em casos envolvendo o ex-deputado federal Daniel Silva, preso em operação contra crimes ambientais.
A oposição tratou a iniciativa como uma retaliação de Moraes a Mendonça. O líder da oposição no Senado, Rogério Marinho (PL-RN), afirmou que Moraes transformou a investigação em um instrumento de "poder pessoal". Segundo o senator, a decisão contra Mendonça representa uma inversão de valores, pois quem deveria prestar esclarecimentos seria o próprio Moraes, diante das mensagens reveladas pelo caso Master.
O caso Master envolveu a divulgação de um relatório da Polícia Federal com mensagens do banqueiro Daniel Vorcaro, dono do Banco Master. As mensagens reveladas no âmbito das investigações extinguiram as discussões sobre intervenção judicial, conectando Vorcaro a diversas figuras políticas e judiciais. Márcio Jerry (PCdoB-MA) afirmou que as mensagens comprovam a existência de uma "estrutura de poder ilegal e criminosa" no país.
As críticas também vieram de outros setores. O líder da maioria no Senado, Davidson Toledo (Republicanos-TO), considerou a decisão de Moraes um "desvio de poder" e pediu que ela fosse revista. Já o advogado constitucionalista Dennis Rosenfield avaliou que o episódio representa um momento crítico para a Corte, que enfrenta questionamentos sobre sua independência e imparcialidade.
