La Mercedes-AMG ha sviluppato una versione extrema della CLE, denominata 646 Spezialanfertigung, che va molto oltre ciò che una preparazione convenzionale permette. Questa edizione speciale è limitata a sole 30 unità e rappresenta la scommessa più radicale del marchio nel segmento dei coupé ad alte prestazioni.
Il veicolo si basa sulla piattaforma della CLE 53, ma riceve un motore V8 biturbo da 646 cavalli di potenza. Questa configurazione a trazione posteriore consente prestazioni significativamente superiori al modello di origine, con una riduzione del peso di circa 170 chili.
La carrozzeria è stata profondamente modificata per questa versione speciale, differenziandosi chiaramente dal design del modello standard. Nonostante sia omologata per la circolazione stradale, gran parte dello sviluppo di questa versione è stata orientata all'uso in circuito, evidenziando la sua vocazione sportiva.
