Une succession d'enquêtes judiciaires, d'accusations formelles du Ministère public et de plaintes pour favoritisme politique ont placé la gestion de Vila Nova de Gaia et de ses entreprises municipales sous une forte attention médiatique et judiciaire. Parmi les procédures en cours figurent des allégations de trucage des marchés publics à l'entreprise municipale Águas de Gaia, qui auraient lésé les caisses publiques de millions d'euros, ainsi que des questions liées aux diplômes universitaires et aux procédures de concours faisant l'objet de soupçons de truquage partisan à la mairie.
L'opération « ÁguAS Turvas », menée par la Police judiciaire et le DIAP régional de Porto, enquête sur un allégué système de trucage des marchés publics à Águas de Gaia, E.M., avec un préjudice estimé à environ huit millions d'euros. L'entrepreneur António Santos Mota aurait obtenu l'adjudication de 81 contrats de travaux et services, atteignant une facturation supérieure à 8,5 millions d'euros, avec des contreparties incluant des espèces remises lors de dîners annuels à Matosinhos. L'ancien directeur des Eaux et de l'Approvisionnement, José António Martins, est soupçonné d'avoir créé la société Axialcloud pour dissimuler les versements reçus. Les deux ont été placés en détention provisoire, et une suspension judiciaire de fonctions a également été appliquée à d'autres dirigeants.
Miguel Lemos Rodrigues, ancien président du conseil d'administration de Águas de Gaia, a été formellement accusé en septembre 2025 par le Ministère public des crimes de corruption, abus de pouvoir, participation économique à une affaire et trafic d'influence, dans une action concertée avec des entrepreneurs du secteur de la communication par le biais de procédures de gré à gré, de fractionnement des dépenses et de simulation de concurrence. Le Ministère public a également critiqué le retard de plus de 30 jours du alors maire de la ville, Eduardo Vítor Rodrigues, pour respecter une décision judiciaire d'éloignement de l'administrateur.
Au sein même de la Mairie municipale, le directeur municipal du Logement, Paulo Ferreira do Amaral, a été écarté après que l'Université de Porto et l'ICBAS ont informé qu'il n'existait aucun enregistrement de son alléguée licence, le concerné ayant allégué que la documentation avait disparu dans un incendie. L'opposition a également signalé des irrégularités dans la sélection des dirigeants, incluant la nomination du coordinateur cantonal de l'Initiative libérale, Ricardo Carvalho, au poste de directeur des Politiques sociales par l'intermédiaire d'un jury comprenant une conseillère nationale du PSD, et la modification de la classification d'Abraão Silva, dirigeant du PSD local, après l'épreuve d'entretien. Ces questions s'entrecroisent avec l'Opération Babel, centrée sur l'allégué truquage des autorisations d'urbanisme d'une valeur de 300 millions d'euros, et avec des enquêtes contre Eduardo Vítor Rodrigues pour des soupçons de paiements à Global Media afin d'influencer la ligne éditoriale des titres JN et TSF.
