Lagos, ville située en Algarve, connut au XVe siècle une importance internationale qui poussa certains à la désigner comme le « centre du monde ». Sa situation face à l'océan Atlantique lui permit d'assumer un rôle de premier plan dans les premiers voyages maritimes portugais, devenant l'un des principaux points de départ des Découvertes. Le port recevait des embarcations et des marchands de différentes régions, servant de point de liaison entre l'Europe, l'Atlantique et les territoires qui commençaient à être explorés par les navigateurs portugais.
Le prince Henri, né à Porto en 1394, joua un rôle fondamental dans la mise en valeur de Lagos. Bien que connu comme « le Navigateur », il n'effectua pas lui-même les voyages, ayant plutôt organisé et financé les expéditions. C'est à partir de cette ville qu'il arma plusieurs caravelles qui atteignirent la côte africaine, y compris celles qui partirent avec Gil Eanes, navigateur lié au passage du cap Bojador.
L'activité maritime apporta richesse et mouvement commercial, mais aussi un aspect sombre. Pendant le XVe siècle, des personnes africaines réduites en esclavage furent transportées vers Lagos et vendues dans la ville. L'espace actuellement connu sous le nom de Marché aux esclaves, situé sous les arcades de la place Prince Henri, est identifié par le Tourisme du Portugal comme le lieu où se tint le premier marché d'esclaves en Europe. Le bâtiment actuel fut construit en 1691 sur un espace précédemment utilisé à cette fin. Le Musée de Lagos présente, à travers le noyau de la Route de l'Esclavage, une perspective sur le lien de la ville avec le trafic et l'exploitation de personnes réduites en esclavage.
Lagos conserve encore des témoignages architecturaux de ces périodes, comme les remparts, le Château des Gouverneurs et le Fort de Ponta da Bandeira, qui protégeaient la ville des attaques maritimes. L'Église de Santo António, classée Monument national, fut construite au début du XVIIIe siècle et reconstruite après le tremblement de terre de 1755. La ville fut également élevée au rang de capitale de l'Algarve sous le règne de D. Sebastião, conservant ce statut jusqu'au susmentionné tremblement de terre.
