O Ministério Público ainda não publicou os relatórios de auditoria e controlo do Plano de Recuperação e Resiliência (PRR) referentes ao sétimo, oitavo e nono pedidos de pagamento. O último relatório foi publicado em 7 de setembro de 2025, relativo ao sexto pedido de pagamento, e desde então não houve qualquer nova divulgação. Em fevereiro, uma fonte oficial da Procuradoria-Geral da República tinha dito que os relatórios estavam em elaboração, mas o ECO voltou a questionar o Ministério Público e não obteve resposta.
O modelo de governação do PRR inclui uma Comissão de Auditoria e Controlo (CAC), которая é présidida por um representante da Inspeção-Geral de Finanças e integra representantes da Agência para o Desenvolvimento e Coesão. O Ministério Público acompanha a atividade da CAC no quadro das suas competências de prevenção criminal, podendo aceder a toda a informação e participar nas reuniões. O primeiro ponto de contacto designado pela PGR foi a procuradora-geral-adjunta Ana Carla Mendes de Almeida, mas presentemente já não exerce essas funções.
Portugal submeteu o sétimo pedido de pagamento de 1,06 mil milhões de euros a 26 de junho de 2025, valor pago a 26 de novembro. O oitavo cheque, de 1,1 mil milhões de euros, foi solicitado em novembro e pago em fevereiro. O nono pedido foi entregue em março e recebido a 7 de agosto. O décimo e último pedido será entregue no final do ano.
Os relatórios do Ministério Público têm-se pautado por polémicas. O último denunciou que não foi concluída qualquer auditoria aos sistemas de controlo interno do PRR entre outubro de 2023 e novembro de 2024, período entre o terceiro/quarto e o sexto pedidos de pagamento. Esta crítica já tinha sido feita em relatórios anteriores. A estrutura de missão Recuperar Portugal contestou a avaliação, assegurando que os mecanismos de controlo estão plenamente operacionalizados. No relatório do quinto pedido, o Ministério Público acusou ainda a Inspeção-Geral de Finanças e a CAC de obstaculizarem o seu trabalho de prevenção criminal, por não terem facultado acesso a toda a documentação solicitada.
