A Mercedes-AMG desenvolveu uma versão extrema do CLE, denominada 646 Spezialanfertigung, que vai muito além do que uma preparação convencional permite. Esta edição especial está limitada a apenas 30 unidades e representa a aposta mais radical da marca no segmento dos coupés de altas prestações.
O veículo baseia-se na plataforma do CLE 53, mas recebe um motor V8 biturbo com 646 cavalos de potência. Esta configuração de tração traseira permite um desempenho significativamente superior ao modelo de origem, com uma redução de peso de aproximadamente 170 quilos.
A carroçaria foi profundamente modificada para esta versão especial, diferenciando-se claramente do design do modelo standard. Apesar de estar homologado para circulação rodoviária, grande parte do desenvolvimento desta versão foi orientada para o uso em circuito, evidenciando a sua vocação desportiva.
