Una successione di indagini giudiziarie, accuse formali della Procura della Repubblica e denunce di favoritismo politico hanno posto la gestione di Vila Nova de Gaia e delle sue aziende municipalizzate sotto una forte attenzione mediatica e giudiziaria. Tra i procedimenti in esame si trovano presunti schemi di manipolazione negli appalti pubblici nell'azienda municipalizzata Águas de Gaia, che avrebbero danneggiato le casse pubbliche di milioni di euro, insieme a questioni relative a titoli di studio e procedure concorsuali oggetto di sospetti di manipolazione partitica nel comune.
L'operazione «Águas Turvas», condotta dalla Polizia Giudiziaria e dal DIAP Regionale di Porto, indaga su un presunto schema sistematico di manipolazione degli appalti pubblici nella Águas de Gaia, E.M., con un danno stimato in circa otto milioni di euro. L'imprenditore edile António Santos Mota avrebbe ottenuto l'aggiudicazione di 81 contratti di lavori e servizi, raggiungendo una fatturazione superiore a 8,5 milioni di euro, con contropartite che includevano denaro contante consegnato durante cene annuali a Matosinhos. L'ex direttore di Acqua e Approvvigionamento, José António Martins, è sospettato di aver creato la società Axialcloud per dissimulare i pagamenti ricevuti. Entrambi sono stati posti in custodia cautelare in carcere, ed è stata applicata anche la sospensione cautelare dalle funzioni ad altri dirigenti.
Miguel Lemos Rodrigues, ex presidente del consiglio di amministrazione della Águas de Gaia, è stato formalmente accusato nel settembre 2025 dalla Procura della Repubblica dei reati di corruzione, abuso di potere, partecipazione economica in affari e traffico di influenze, in un'azione concertata con imprenditori del settore della comunicazione attraverso procedure di affidamento diretto, frazionamento della spesa e simulazione di concorrenza. La Procura della Repubblica ha inoltre censurato il ritardo superiore a 30 giorni del allora sindaco, Eduardo Vítor Rodrigues, nell'ottemperare alla disposizione giudiziaria di allontanamento dell'amministratore.
Nella stessa sede comunale, il direttore comunale dell'Edilizia abitativa, Paulo Ferreira do Amaral, è stato allontanato dopo che l'Università di Porto e l'ICBAS hanno comunicato che non esistevano registrazioni della sua presunta laurea, avendo l'interessato affermato che la documentazione è scomparsa in un incendio. L'opposizione ha inoltre denunciato irregolarità nella selezione dei dirigenti, inclusa la nomina del coordinatore comunale dell'Iniziativa Liberale, Ricardo Carvalho, a direttore delle Politiche Sociali attraverso una commissione giudicatrice con una consigliera nazionale del PSD, e la modifica della classificazione di Abraão Silva, dirigente del PSD locale, dopo la prova del colloquio. Queste questioni si intrecciano con l'Operazione Babel, incentrata sulla presunta manipolazione delle autorizzazioni urbanistiche dal valore di 300 milioni di euro, e con le indagini contro Eduardo Vítor Rodrigues per sospetti di pagamenti alla Global Media per condizionare la linea editoriale sulle testate JN e TSF.
