Il Benfica ha già conosciuto i suoi avversari in Europa League dopo il sorteggio effettuato presso la sede dell'UEFA. In qualità di squadra ospite, le aquile giocheranno fuori contro il Milan, il Viktoria Plzen, l'Omonia e il NEC. Tuttavia, il punto focale è il ritorno di Ruben Amorim, ora al Milan, e il fatto che il club portoghese ospiti in casa l'AZ Alkmaar, il Celtic, il Lech Poznan e l'OFI Creta.
Per raggiungere la fase principale della competizione, il Benfica ha dovuto superare tre turni eliminatori. Nel secondo turno di qualificazione, i biancorossi hanno affrontato lo St. Gallen, dalla Svizzera, e hanno iniziato con una sconfitta per 2-1 fuori casa. Tuttavia, allo Stadio da Luz, la squadra di Marco Silva ha applicato un eloquente 5-0 e ha garantito la qualificazione.
Nel turno successivo, il Benfica ha ospitato l'Hearts, dalla Scozia, e ha vinto con facilità per 6-1, in una partita dove Vangelis Pavlidis si è distinto segnando una tripletta. Nel match di ritorno, a Edimburgo, Marco Silva ha optato per mandare una formazione alternativa per dare opportunità al resto della rosa, ottenendo un pareggio per 1-1.
Nella fase di play-off, il Benfica ha affrontato un ultimo avversario per assicurarsi un posto nella fase a gironi dell'Europa League.
