Benfica connaît déjà ses adversaires en Ligue Europa après le tirage au sort effectué au siège de l'UEFA. En tant qu'équipe visiteur, les aigles joueront à l'extérieur contre le Milan, le Viktoria Plzen, l'Omonia et le NEC. Cependant, le point fort est la retrouvaille avec Ruben Amorim, désormais au Milan, et le fait que le club portugaisreceive à domicile l'AZ Alkmaar, le Celtic, le Lech Poznan et l'OFI Crete.
Pour atteindre la phase principale de la compétition, Benfica a dû passer par trois tours éliminatoires. Au deuxième tour de qualification, les encarnados ont affronté le St. Gallen, de Suisse, et ont commencé par une défaite 2-1 à l'extérieur. Cependant, à l'Estádio da Luz, l'équipe de Marco Silva a appliqué un sans-faute 5-0 et a sécurisé la qualification.
Au tour suivant, Benfica a reçu le Hearts, d'Écosse, et a gagné facilement 6-1, dans un match où Vangelis Pavlidis s'est démarqué en marquant un hat-trick. Au match retour, à Édimbourg, Marco Silva a choisi d'envoyer une équipe alternative pour donner des opportunités au reste de l'effectif, aboutissant à un match nul 1-1.
En phase de play-off, Benfica a affronté un dernier adversaire pour sécuriser sa place en phase de groupes de la Ligue Europa.
